Antimicrobial susceptibility and molecular characterization of resistance mechanisms of Enterococcus spp. from the intestinal microbiota of food producing animals

Abstract

O trato intestinal dos mamíferos constitui um reservatório natural de Enterococcus, bactérias oportunistas, ubiquitárias, frequentemente associadas a infeções nosocomiais multirresistentes em humanos, sendo Enterococcus faecium e Enterococcus faecalis as espécies mais importantes. Neste estudo foram identificadas as espécies de Enterococcus predominantes no conteúdo cecal de bovinos e suínos através de técnicas moleculares, tendo sido avaliados os perfis de suscetibilidade antimicrobiana das estirpes de E. faecium e E. faecalis pelos métodos de agar difusão e microdiluição, e identificados determinantes de resistência por PCR e Whole Genome Sequencing. Os suínos constituem um reservatório de estirpes multirresistentes de E. faecium e E. faecalis. Enteroccocus spp. resistentes a antibióticos de importância crítica, designadamente daptomicina e linezolid, foram identificados em intestino de bovinos e suínos, tendo sido detectados os determinantes de resistência ao linezolid (optrA e poxtA). Estes resultados enfatizam a importância de monitorizar a resistência antimicrobiana em bactérias de origem animal; ABSTRACT: The intestinal tract of mammals is a natural reservoir of Enterococcus, opportunistic and ubiquitous bacteria, frequently associated with multidrug resistant nosocomial infections in humans, Enterococcus faecium and Enterococcus faecalis being the most important species. In the present study, the prevalent species of Enterococcus in the cecum of cattle and pigs were identified through molecular techniques, the antimicrobial susceptibility profiles of E. faecium and E. faecalis strains were assessed by agar diffusion and microdilution methods, and resistant determinants were identified through PCR and Whole Genome Sequencing. Pigs are a reservoir of multidrug resistant E. faecium and E. faecalis strains. Enterococcus spp. resistant to critically important antibiotics, namely daptomycin and linezolid, were found colonizing bovine and swine gut, and the corresponding linezolid resistance determinants were identified (optrA and poxtA). These results highlight the importance of monitoring antimicrobial resistance mechanisms in bacteria from animals.